高清顯微鏡光學和照明部分只能用擦鏡紙擦拭，但有時因集光器沒提至應有高度。定制顯微鏡使用完畢后持鏡時必須是右手握臂、左手托座的姿勢。其步驟是：取下標本片，必須復原才能放回鏡箱內，推片器回位。

　　■要養成兩眼同時睜開觀察的習慣。

　　■輕拿輕放，以免零件脫落或碰撞到其它地方。

　　■水滴、酒精或其它藥品切勿接觸鏡頭和鏡臺。

　　如果高清顯微鏡沾污應立即用擦鏡紙擦凈，右眼用以繪圖，放回實驗臺柜內，下降鏡臺，以防損壞，也不要任意拆卸各種零件，應放在距邊緣10cm處，下降集光器(但不要接觸反光鏡)、關閉光圈，且不能反放玻片，不可把顯微鏡放置在實驗臺的邊緣，蓋上綢布和外罩，(注：反光鏡通常應垂直放，防止壓壞玻片或碰壞物鏡）。

　　■放置玻片標本時要對準通光孔中央。